Ölümü yani idam edilişine yer vermek istemiyordum fakat eksik olmasın diyerekten şu şekide rivayet edilir;
Mısır Kaptanı Piri Reis 1552’de Umman ve Basra üzerine 30 gemiyle çıktığı seferde, Hürmüz Kalesi’ni kuşatmıştı. Portekizlilerden aldığı haraç karşılığı kuşatmayı kaldırdı ve donanmasıyla Basra’ya döndü. Tamire muhtaç donanmayı orada bırakıp ganimet yüklü üç gemi ile Mısır’a döndü, gemilerden birisi yolda battı. Donanmayı Basra’da bırakması kusur sayıldığı için Mısır’da hapsedildi. Basra valisi Kubat Paşa’ya ganimetten istediği haracı vermemesi, Mısır Beylerbeyi Mehmet Paşa’nın politik hırsı yüzünden hakkında padişaha olumsuz rapor verildi ve dönemin padişahı Kanuni Sultan Süleyman’ın fermanı üzerine 1554’te boynu vurularak idam edildi. İdam edildiğinde 80 yaşının üzerinde olan Piri Reis’in terekesine devletçe el konuldu.