Hola amigo, muy buena tu pregunta.e incluso me ha hecho pensar en tema para un nuevo post. Respondo tu pregunta: Las bacterias tienen factores de virulencia y genes que codifican estos elementos. Los factores de virulencia son moléculas accesorias que le otorgan la capacidad de ser patógenas. Lo que sucede en este caso es que las bacterias que forman parte de la microbiota o flora es que son menos virulentas que otras bacterias más patógenas y el organismo no las reconoce como "dañinas" con esto no digo que no puedan causar enfermedades, ya que si se pierde el estado comensal estás pasan a ser oportunistas causando diferentes cuadros en el paciente. Hay otra hipótesis que versa sobre algunas bacterias que poseen genes que le otorgan la capacidad de formar moléculas que minimizan la acción del sistema inmune y así este no las destruya. Espero sea de ayuda. Saludos!