Até hoje não tentei usar, mas acredito que o programa open source mais funcional para isso seja o Tesseract, programa para reconhecer caracteres em imagens e converter para texto, que inclusive é patrocinado pela Google. Suporta reconhecimento de textos em vários idiomas, incluindo Português. Tem para Windows, Mac e Linux, só que é um programa de linha de comando. Tem algumas interfaces gráficas pra ele que podem facilitar o uso para quem não está acostumado com linha de comando. Um que eu achei nesta lista, que é meio antigo mas que me pareceu ter bons recursos, é esse Ocrivist (para Windows e Linux). Teria que experimentar para ver se é acessível e se funciona como anunciado.

Ouvi que o Tesseract é um programa poderoso mas bem difícil de dominar, principalmente na parte de treinar a inteligência artificial dele pra melhorar o reconhecimento de caracteres quando os resultados não saem direito. Mas pela necessidade, talvez valha a pena tentar.