ich mag mir gar nicht ausmalen wie viele unschuldige Menschen in der Zeit von der Kirche gefoltert und getötet worden sind

Kannst du konkrete Zahlen nennen? Zum Beispiel die Spanische Inquisition in der Neuzeit hatte weniger Menschen umgebracht als die Anarchisten und Faschisten später. Zumeist ging es dabei um Konvertiten, nicht um die Wissenschaft. Allgemein ist es schwer, konkrete Zahlen darüber hinauszufinden, und vieles ist schlicht Propaganda. Lange Zeit glaubte ich auch, die Kirche hätte Galileo hingerichtet. Letztlich ist das nicht mehr als ein Meme.

Allerdings wurden für die gleichen Forschungen zehntausende oder gar 100.000de Frauen auf dem scheiterhaufen verbrannt

Das ist ein schiefes Argument, es so klingen zu lassen, als wären Hexen, über die du wahrscheinlich sprichst, deswegen hingerichtet wurden, weil sie den Klöstern im Bereich der Naturheilverfahren Konkurrenz gemacht haben. Außerdem war die Hexenverfolgung vor allem ein neuzeitliches Phänomen - im Mittelalter ging es zumeist wieder nur um Häretiker - und es gab auch Widerstand aus der Kirche selbst. Die Hexenverfolgung fand auch auf protestantischem Boden statt und ich glaube - konnte allerdings so schnell nichts finden - dass die Protestanten mehr Hexen verbrannten. Wie gesagt, dafür würde ich nicht die Hand ins Feuer legen. Wikipedia sagt jedenfalls, dass die Spanische Inquisition die Hexenverfolgung eher verhindert hat.