Im Prinzip ist das richtig: Zu CO₂ wird Citrat im Citrat-Zyklus letztlich abgebaut. Und dieses Citrat bildet sich vorher aus einem Acetylrest und Oxalacetat ... und die Acetylreste sind Abbauprodukte unserer Nahrung (Egal ob Kohlenhydrate oder Fette).
Das Wasser, das man in der Gesamtgleichung der aeroben Atmung sieht, entsteht genau genommen aber an anderer Stelle (in der Atmungskette).

Acetyl Coenzym A ist ein Acetylrest gebunden an Coenzym A.

Das Coenzym A ist eigentlich 'nur' dazu da, um den Acetylrest in den Citrat-Zyklus zu 'transportieren'.
Dort verbindet sich der Acetylrest (der zwei C-Atome enthält) mit Oxalacetat (das vier C-Atome enthält) zu Citrat (das sechs C-Atome enthält). Dieses Citrat wird dann Schritt für Schritt abgebaut, bis wieder das vieratomige Oxalacetat entsteht (die beiden vom Citrat abgespaltenen C-Atome werden oxidiert und in Form von CO₂ entweichen), das sich dann erneut mit einem Acetylrest verbindet, der von Coenzym A gebracht wird, so dass der Zyklus immer weiter läuft.

Im Rahmen dieses Citratzyklus wird beim Abbau des Citrats Energie frei. Diese Energie wird dazu genutzt, um ein Phosphat an ADP zu binden, so dass ATP entsteht. Dieses ATP kann bei Bedarf, z. B. wenn wir Sport treiben oder nachdenken, das Phosphat wieder abgeben und damit die gespeicherte Energie freisetzen.

Weil du fragst, ich bin Diplombiologie, im Moment aber für Vorbereitung und Zugangstests (in Biologie und Chemie) zur Uni für ausländische Studierende mit hier nicht anerkanntem Abschluss zuständig ... lege aber ab nun eine (mindestens) einjährige Pause ein. Eine ausführlichere Antwort (ich werde zurzeit öfter gefragt) findest du hier. :)