Der analoge Audioausgang vom Pi ist qualitativ sehr schlecht, da die D/A-Wandlung mit sehr günstigen Komponenten erfolgt und keine zusätzlichen Filter verbaut sind. Ton über HDMI oder (W-)LAN ist da eher empfehlenswert.
Wenn es doch nicht anders geht dann kann man einfach eine USB Soundkarte anschließen oder sich so ein Audio Shield für den Pi holen (z.B. sowas), die dürften die Audioqualität des Analogen Ausgangs deutlich verbessern.